В 1992 году на базе средней школы-новостройки г. Королёва (ныне школа-гимназия № 18 имени Илюшина) открылся Авторский педагогический центр Никитиных (АПЦН) – как открытая творческая площадка для реализации идей молодых педагогов.
Однако Борису Павловичу к этому времени было уже 76, Лене Алексеевне — 62. Реализовать свои идеи в школе им было уже просто не под силу. Они ограничились написанием краткой «педагогической концепции непрерывного образования», но разработкой методик, необходимых для функционирования центра, не занимались. Центр просуществовал до 1997 года. В 1996 году там отметили 80-летие Бориса Павловича.
30 января 1999 года в отделении реанимации московской больницы № 31 Борис Павлович скончался. Это стало неожиданностью для всех. Ещё за две недели до этой даты он, как обычно, мог подтянуться на турнике и вытолкнуть одной рукой гирю… 20 января произошёл разрыв аневризмы аорты, потеря около 2-х литров крови. Спокойно и в ясном сознании он говорил: «Видимо, пришло моё время. Я и так прожил больше среднестатистического…».
На уговоры родных лечь в больницу Борис Павлович был сначала непреклонен: «Нет уж, увольте! Жил без помощи медиков, и умру как‑нибудь без их помощи!». Только к вечеру, сжалившись над женой и детьми, он согласился ехать в одну из лучших клиник Москвы. Операция по замене участка аорты в день его 83-летия — 21 января — проходит очень удачно. Сосудистый хирург, проводивший операцию, сказал: «Организм сорокалетнего мужчины».
24 января разрешили посещения родных. Этот день для многих останется последним разговором-встречей с Борисом Павловичем. 25 января состояние ухудшается, нарастает сердечно-лёгочная недостаточность. Ночь с 29 на 30 января становится для него последней.
Лена Алексеевна, бесконечно уставшая от «общественной деятельности» семьи, не хотела и не могла так же активно продолжать её после ухода мужа. Часто отказывалась от встреч, редко давала интервью.
Она стала тёплой и любящей Бабушкой для всех внуков и правнуков, мельтешащих возле неё. Пела, читала, рассказывала. Последние годы жила в семье старшей дочери Ольги, занималась малышами и домашним хозяйством, сочинила стихотворную сказку «Сказ об Иване, помнящем родство».
Она пережила Бориса Павловича на 14 лет — ровно на те годы, на которые он был её старше. Скончалась 18 мая 2014 года, дома, тихо, спокойно, во сне.